В основе классификации курортов лежит их ведущий природный лечебный фактор. В соответствии с этим выделяют:

Бальнеотерапевтический курорт (от латинского balneum — ванна, therapia — лечение) — тип курорта, где в качестве основного лечебного фактора используются природные минеральные и термальные воды. Воды могут применяться наружно (ванны, души, бассейны и др.), для питьевого лечения, ингаляций, орошений и других процедур. Бальнеотерапевтические курорты оборудованы бальнеолечебницами, питьевыми галереями, бюветами, бассейнами, ингаляториями и т. д.

Бальнеотерапевтические курорты условно можно разделить на минеральные и термальные.
Минеральные курорты – базируются на природных лечебных минеральных водах, которые содержат в повышенных концентрациях те или другие минеральные (реже органические) компоненты и газы и (или) обладают какими-нибудь физическими свойствами (радиоактивность, реакция среды и др.). Минеральные воды поступают из подземного, защищенного от загрязнения источника, отличаются абсолютной чистотой и, благодаря своему составу, оказывают на организм человека лечебное воздействие различной степени.

Минеральные воды используются в виде питьевых курсов для лечения заболеваний желудочно-кишечного тракта, урологических проблем, нарушения обмена веществ, очищения крови, похудения и вывода шлаков из организма. Схему питьевого курса минеральной воды назначает курортный врач.

Термальные курорты расположены на горячих термальных источниках (греч. γαία — земля и θερμ — тепло, жар), которые выходят на поверхность земли с температурой выше 20 °C. Термальные минеральные источники подразделяются на тёплые (20-37 °C), или горячие (37-50 °C) и очень горячие (50-100 °C). 
На термальных курортах лечат все виды заболеваний опорно-двигательного аппарата, дыхательных путей, неврологические изаболевания, усталость, бессонницу, ослабленый иммунитет. Термальные воды оказывают обезболивающее и расслабляющее действие и используются в лечебных ваннах, бассейнах и, реже, для питьевого курса. Большинство турмальных курорттов

Воды, для наружного применения могут быть:

Сульфидные (сероводородные) воды - для бальнеотерапии используются сероводородные воды концентрации H2S от 10 до 250 мг/л.

Углекислые воды - с лечебной целью при наружном применении используются концентрации углекислоты 0,75 — 2,0 г/л.

Хлоридные натриевые воды - с лечебной целью наружно применяются воды этого класса при концентрациях 10 — 60 г/л.

Радоновые воды - с лечебной целью используются радоновые воды с концентрацией радона от 5 до 200 нКи/л.

Йодобромистые воды - чаще всего йод (5мг/л) и бром (25 мг/л) присутствует в хлоридных натриевых водах. В зависимости от преобладания йодидов или бромидов эти воды могут быть могут быть йод-бромистыми, бром-йодистыми, бромистыми или йодистыми.

Кремнистые термальные воды - обычно маломинерализованные, щелочные содержат кремниевую кислоту 50 мг/л. Характерной особенностью этих вод является наличие в них газов, главным образом азота.

Мышьяковистые воды - очень различаются по своему химическому и газовому составу. Самые известные воды этой группы — углекислые мышьяковистые воды месторождения Чвижепсе, Сочи.

Грязелечебный курорт - тип курорта, где в качестве основного или одного из основных природных лечебных факторов, наряду с климатом, природными минеральными водами, используются лечебные грязи. Такие курорты привязаны к месторождениям лечебной грязи (пелоида). Грязелечение показано преимущественно при патологии суставов, нервной системы травматического происхождения, гинекологических и кожных заболеваниях.

Климатический курорт - тип курорта, где в качестве основного лечебно-профилактического фактора используется климат, а среди методов: аэротерапия, гелиотерапия, талассотерапия (в данном случае – морской воздух). Каждому из них присуща уникальная комбинация климатопогодных факторов (температура, атмосферное давление, солнечное излучение и т. д.). 
Климатические курорты можно условно разделить на равнинные (с континентальным климатом), горные и морские.

Талассотерапевтический курорт (греч. thalassa — море; therapia — лечение) - это бальнеотерапевтический, грязевой и климатический курорт «в одном флаконе». Морской курорт, в основе лечения на котором лежит приморский климат, морская вода, водоросли, морские грязи, ил и другиепродукты моря и механизмы их действия на организм человека при лечебно-профилактическом применении. Термин талассотерапия введен в 1867 году французским врачом де Ла Боннардьер (La Bonnardière) из небольшого городка Аркашон (Arcachon) на побережье Бискайского залива Атлантического океана. В настоящее время талассотерапия занимает одно из ведущих мест среди методов лечения и оздоровления многих мировых курортов. Талассотерапия может применяться для лечения заболеваний дыхательных путей, кожных заболеваний, способствует выведению вредных веществ из организма, а свежий морской ветер и морские купания обладают сильным тонизирующим действием, закаливают и укрепляют организм. Процедуры с морскими водорослями и грязью прогревают тело и эффективны при артрозе и других заболеваниях опорно-двигательного аппарата. Морские препараты долгосрочно стимулируют кровоснабжение кожи, насыщают ее влагой, что обуславливает их популярность в косметологии. 1-6 процентный соляной раствор применяется в виде ванн, 2-5 процентный растовр – для аквагимнастики и ножных ванн, а раствор с более низкой концентрацией применяется для ингаляций при лечении заболеваний дыхательных путей.

Также известны смешанные типы курортов:

Бальнеогрязевой курорт- где в качестве основных лечебных факторов используют, как минеральные воды, так лечебные грязи.

Бальнеоклиматический курорт- где в качестве основных лечебных факторов выступает климат и минеральные воды.